Proses pendidikan di Pondok Pesantren Modern Al Manar Muhammadiyah Boarding School memadukan dua sistem pendidikan, yaitu sistem pendidikan pesantren dan sistem pendidikan sekolah umum. Model pendidikan seperti ini memiliki keunggulan antara lain: 
  1. Penanaman nilai-nilai ke-Islaman yang komprehensif (menyeluruh) disertai dengan praktek pembiasaan yang terarah, terbimbing, dan terus menerus. 
  2. Pengembangan semangat kebersamaan, kemandirian, kepeloporan dan keunggulan secara intensif, baik secara konseptual maupun praktek langsung dalam keseharian. 
  3. Tetap melaksanakan pembelajaran dan bimbingan secara sistematik, rasional dan berkesinambungan dalam ilmu-ilmu dasar ke-Islaman, ilmu pengetahuan, tehnologi, bahasa, ketrampilan, seni dan budaya.